المحفظة الجرثومية هي بنية كبيرة جدا للعديد من البكتيريا، وهي طبقة متعددة السكاريد تقع خارج مغلف الخلية، وبالتالي تعتبر جزءا من الغشاء الخارجي للبكتيريا، وهي طبقة منظمة بشكل جيد، ولا يمكن إزالتها بسهولة، ويمكن أن تكون سببًا لأمراض مختلفة.
تختلف المحفظة الجرثومية، التي توجد في كل منالبكتيريا سالبة الغرام وإيجابية الغرام عن الغشاء الدهني الثاني (الغشاء البكتيري الخارجي)، الذي يحتوي على عديد السكاريد الشحمي والبروتين الشحمي، ويوجد فقط في البكتيريا سالبة الجرام. وعندما ينتشر إفراز اللزوجة غير المتبلور (الذي يصنع المحفظة) إلى الوسط المحيط ويبقى كإفراز غير مفكك، يُعرف باسم طبقة الوحل (slime layer). ويمكن اختصار طبقة الوحل والمحفظة في بعض الأحيان تحت مصطلح الكأس السكري.