اعتزال اجراء العمليات الجراحية بعد عمر 65 عاما، واستمر كاستشاري ومنظر لعمليات نقل الاعضاء، وفي عام 2006 قطع الدكتور مجدي يعقوب اعتزاله العمليات ليقود عمليات معقدة تتطلب ازالة قلب مزروع في مريضة بعد شفاء قلبها الطبيعي، حيث لم يزل القلب الطبيعي للطفلة المريضة خلال عملية الزرع السابقة وقام بها السير مجدي يعقوب وتكللت بالنجاح.
حصل على زمالة كلية الجراحين الملكية بـلندن، وحصل على ألقاب ودرجات شرفية من كلا من: جامعة برونيل، وجامعة كارديف، وجامعة لوفبرا، وجامعة ميدلسكس (جامعات بريطانية)، وكذلك من جامعة لوند بـالسويد. وله كراس شرفية في جامعة لاهور بـباكستان، وجامعة سيينا بـإيطاليا.
حيث تشهد مدينة اسوان المصرية استعدادات من اجل افتتاح ميدان الدكتور مجدي يعقوب الذي اصبح الجميع يردد من هو مجدي يعقوب الذي سوف يتم افتتاح ميدان باسمه في مدينة اسوان المصرية، هذا الامر الذي يعتبره الكثير تقديرا لاعماله وخدماته الجليلة التي قدمها للانسانية في العالم ولشعب مصر واسوان ، حيث يعتبر نموذج للعطاء اللامحدود، وهو جراح القلب المشهور على مستوى العالم وفي الجمهورية المصرية، نتعرف على السيرة الذاتية لمجدي يعقوب، وذلك لكي نجيب على تسائل الكثير من المهتمين حول من هو مجدي يعقوب وما هي سيرته الذاتية فهو من ابرز العلماء في جراحة القلب، والذي قام بوهب حياته ووقته وجهده من اجل البشرية .