أهم الأسباب التي أدت إلى عملية اللجوء هي:
- محاولة الاستعمار البريطاني تنفيذ وعد بلفور الصادر عام 1917، الداعي إلى إنشاء وطن قومي لليهود في فلسطين، مروراً بسياسة الانتداب البريطاني الذي عمل ضد قرارات عصبة الأمم، إضافة إلى دعمها المتزايد للحركة الصهيونية، حيث عملت على تسهيل هجرة اليهود إلى فلسطين، وتسهيل شراء الأراضي التي تم شراؤها، وتدريب اليهود على القتال واستخدام السلاح، وتأمين السلاح والذخيرة اللازمة لهم.
- كذلك الدور الاستعماري في اتخاذ قرار التقسيم، (قرار الجمعية العامة للأمم المتحدة رقم 181 لعام 1947، الذي عملت الولايات المتحدة الأمريكية وفرنسا على استصداره)، هذا القرار الذي دفع 750 ألف فلسطيني للهرب من بلدهم، خوفاً من وقوعهم تحت حكم الحركات الصهيونية، بعد أن وقعت بلدانهم ضمن حصة اليهود في خط التقسيم.
- ممارسات العصابات الصهيونية عشية الإعلان عن قيام إسرائيل، وما صاحب ذلك من تمييز عنصري وقمع وإرهاب، تمثل في ارتكابهم العديد من المجازر والمذابح البشعة بحق المواطنين العزل، ولعل أشهرها مذبحة دير ياسين، اللد، ناصر الدين والدوايمه.
إجبار المواطنين على مغادرة قراهم وهدم الكثير منها تحت غطاء حرب عام 1948، مما تسبب في هجرة 750 ألف فلسطيني.
- ومن الأسباب الرئيسية التي أدت إلى اللجوء هو الخوف الشديد والخطر المحدقان بالمواطنين الفلسطينيين آنذاك، حيث لجأ معظم الفلسطينيين إلى المناطق المحيطة بقراهم على أمل أن يعودوا بعد توقف القتال، ولكن كانوا كلما ابتعدوا قليلاً كلما اقتربت الحرب، وربما خوفهم على حياتهم وحياه أبنائهم وحماية أعراضهم، كانت أسباب أخرى لعملية اللجوء.
- الخوف من انتقام اليهود بعد هجوم العرب على مواقع يهودية، وتحديداً المناطق العربية التي أصبحت معزولة وسط مناطق يهودية.
- أساليب الحرب النفسية التي اتبعتها الحركة الصهيونية آنذاك والتي تراوحت بين استخدام الأساليب العامة، والمقصود منها تقويض ثقة السكان بأنفسهم وقياداتهم وتحطيم معنوياتهم بشكل عام، مثل الحديث عن عدد الخسائر في الأرواح بين العرب، والتحذير من انتشار الأوبئة، وكانت تستخدم أسلوب الهمس، حيث كان يطلب من المخاتير اليهود الذين كانت لهم اتصالات مع الفلسطينيين في القرى المجاورة، أن يسربوا لهم معلومات (باعتبارهم أصدقاء لهم) الهدف منها بث الرعب في نفوسهم، أما الطرق الأكثر مباشرة، فتراوحت بين التهديد والوعيد، ووضع موعد أقصى لإخلاء البلد، ووضع تسجيلات لبكاء وعويل وصراخ باللغات العربية، وكذلك إذاعة تسجيلات لانفجارات شديدة عبر مكبرات الصوت، إضافة إلى وضع الناس في ناقلات، ورميهم في مناطق بعيدة، وطردهم وإطلاق الرصاص فوق رؤوسهم.